学会による認定施設、厚生労働省（県）指定・許可関係
学会による認定施設
| 1 | 日本内科学会 | 認定医制度教育病院 |
| 2 | 日本呼吸器学会 | 認定施設 |
| 3 | 日本呼吸器内視鏡学会 | 認定施設 |
| 4 | 日本消化器内視鏡学会 | 専門医指導施設 |
| 5 | 日本消化器病学会 | 認定施設（専門医） |
| 6 | 日本循環器学会 | 専門医指定研修施設 |
| 7 | 日本神経学会 | 教育関連施設 |
| 8 | 日本血液学会 | 研修施設（認定医） |
| 9 | 日本腎臓学会 | 研修施設 |
| 10 | 日本透析医学会 | 認定医教育関連施設（熊本大学医学部附属病院） |
| 11 | 日本小児科学会 | 研修施設（専門医） |
| 12 | 日本周産期・新生児医学会 | 専門医基幹研修施設（部署：新生児医療センター） |
| 13 | 日本外科学会 | 認定医制度修練施設 |
| 14 | 日本外科学会 | 専門医制度修練施設 |
| 15 | 呼吸器外科専門医合同委員会 | 関連施設 |
| 16 | 日本胸部外科学会 | 指定施設（認定医） |
| 17 | 日本乳癌学会 | 認定施設（認定医・専門医） |
| 18 | 日本消化器科外科学会 | 専門医修練施設 |
| 19 | 日本小児外科学会 | 認定施設 |
| 20 | 日本大腸肛門病学会 | 専門医修練施設 |
| 21 | 日本産科婦人科学会 | 専門医制度卒後研修指導施設 |
| 22 | 日本婦人科腫瘍学会 | 専門医制度指定修練施設 |
| 23 | 日本整形外科学会 | 専門医制度研修施設 |
| 24 | 日本リウマチ学会 | 教育施設 |
| 25 | 日本リハビリテーション医学会 | 研修施設 |
| 26 | 日本耳鼻咽喉科学会 | 専門医研修施設 |
| 27 | 日本泌尿器科学会 | 専門医教育施設 |
| 28 | 日本皮膚科学会 | 認定専門医研修施設 |
| 29 | 日本形成外科学会 | 認定医制度研修施設 |
| 30 | 日本眼科学会 | 専門医制度研修施設 |
| 31 | 日本脳神経外科学会 | 専門医認定制度指定訓練施設 |
| 32 | 心臓血管外科専門医認定機構 | 基幹施設 |
| 33 | 日本医学放射線学会 | 専門医修練協力機関（熊本大学医学部附属病院） |
| 34 | 日本麻酔科学会 | 認定病院 |
| 35 | 日本ペインクリニック学会 | 指定研修施設 |
| 36 | 日本集中治療医学会 | 専門医研修施設 |
| 37 | 日本病理学会 | 認定病院B |
| 38 | 日本臨床腫瘍学会 | 研修施設 |
| 39 | 日本臨床細胞学会 | 認定施設 |
| 40 | 日本医療薬学会 | 認定薬剤師制度による研修施設 |
| 41 | 日本薬剤師研修センター | 研修生受入施設（厚生労働省薬剤師実務研修事業） |
| 42 | 日本病院会 | 指定優良二日ドック施設 |
| 43 | 熊本県がん検診従事者（機関）認定協議会 | 前立腺がん・肺がん・子宮がん・乳がん・大腸がん・胃がん精密検査機関 |
| 44 | 日本糖尿病学会 | 認定教育施設 |
厚生労働省（県）指定・許可関係
| 1 | 臨床研修指定病院 | 平成2年7月13日（旧制度） 平成15年10月30日（新制度） |
| 2 | 外国人医師又は外国人歯科医師臨床修練病院 | 昭和63年3月29日（認定医） 安永診療部長 |
| 3 | エイズ治療拠点病院 | 平成6年5月23日 |
| 4 | 母体保護法指定研修医研修指定病院 | |
| 5 | 感染症指定病院（I種、II種） | 平成11年4月1日（II種） 平成12年4月27日（I種） |
| 6 | 熊本県総合周産期母子医療センター | 平成16年3月25日 |
| 7 | 地域がん診療連携拠点病院 | 平成17年1月17日（指定） |
| 8 | (財)日本医療機能評価機構認定（一般病院） | 平成15年12月15日（初回） 平成20年2月8日（更新） |