学会による認定施設
熊本市民病院は、以下の学会等の専門医教育施設、修練施設（連携施設含む）として認定されています
- 日本周産期・新生児医学会
- 日本小児科学会
- 日本小児循環器学会
- 日本成人先天性心疾患学会
- 心臓血管外科専門医認定機構
- 日本呼吸器学会
- 日本内科学会
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日本消化器病学会
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日本消化器内視鏡学会
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日本肝臓学会
- 日本血液学会
- 日本透析医学会
- 日本糖尿病学会
- 日本大腸肛門病学会
- 日本がん治療認定医機構
- 日本リウマチ学会
- 日本リハビリテーション医学会
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日本脳神経外科学会
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日本脳卒中学会
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日本皮膚科学会
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日本泌尿器科学会
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日本専門医機構（眼科領域）
- 日本耳鼻咽喉科学会
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日本口腔外科学会
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日本有病者歯科医療学会
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日本口腔科学会
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日本顎関節学会
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日本口腔ケア学会
- 日本放射線医学会
- 日本麻酔科学会